ધર્મગુરુ શંકરાચાર્ય સ્વરુપાનંદ સરસ્વતીએ ખૂબ વિવાદિત નિવેદન આપી દીધુ છે. તેમણે કહ્યુ છે કે, શિરડીના સાંઈ બાબની પુજા ખોટી રીતે કરવામાં આવી રહી છે. આટલુ જ નહી શંકરાચાર્યએ તો સાંઈ બાબાના મંદિરને બનાવવાની વાતને પણ ખોટી ગણાવી છે. સ્વામી શંકરાચાર્યનું માનવામાં આવે ચો સાંઈના મંદિરના નામે માત્ર પૈસા એકત્ર કરવામાં આવે છે જ્યારે સાંઈ બાબા તો ભગવાન છે જ નહીં.